[转让] 基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的顶点扩展方法

专利类型:发明

合作方式:转让

出售价格: 面议

专利详情

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摘要

本发明涉及基因测序技术领域,提供了一种基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的顶点扩展方法,包括:步骤A:读取测序数据源文件,构造多步双向De Bruijn图;步骤B:在所述多步双向De Bruijn图中对分叉顶点的变长kmer进行构造和统计;步骤C:在所述多步双向De Bruijn图中基于变长kmer查询的顶点扩展。本发明只选取一些分叉的顶点构建非常少的一些变长kmer,然后对这些分叉顶点进行定向解耦,无需对每种kmer长度都去构建一个De Bruijn图,可以方便快速地解决所有长度小于序列长度的repeat,最大化contig的长度和质量。

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